No menu Arquivos Bancarios procure por > Arquivos retorno.

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Nesta página, você pode estar inserindo o arquivo de retorno do banco e selecionando o banco correspondente à remessa gerada. Insira um nome para o arquivo de retorno (opcional pois o Mk-Auth já preenche automaticamente)

Clique no botão Enviar arquivo, escolha o arquivo de retorno desejado e clique no botão Enviar

Irá abrir outra página que você poderá selecionar os boletos/clientes que irá dar baixa. Depois de selecionar, clique em ok e o mk-auth irá realizar as alterações nos boletos.